Auch innerparteilich gibt es Probleme: Da die Wahlergebnisse hinter den Erwartungen zurückblieben, halten einige Parteimitglieder sich nicht mehr an den vom Vorsitzenden Schönhuber verfolgten Kurs der strikten Abgrenzung vom extrem rechten "Narrensaum" gebunden. Die Klärung erfolgt auf dem Parteitag Ruhstorf am 7. und 8. Juli 1990. Die Partei steht hinter dem Bundesvorsitzenden, Die große Mehrheit der Delegierten wählt Franz Schönhuber erneut zum Bundesvorsitzenden. Die Rechtsabweichler verlassen die Partei; die demokratische Rechte hat gesiegt. Seit dem Parteitag in Ruhstorf steht der sogenannte „Rustorfer Beschluß“, der eine Zusammenarbeit der Partei DIE REPUBLIKANER mit rechtsextremistischen Parteien und Gruppierungen ausschließt.
Wenige Monate später, am 14. Oktober 1990, erzielen DIE REPUBLIKANER bei den bayerischen Landtagswahlen überraschende 4,9 %. Vielen Beobachtern gibt hierbei die plötzliche Schrumpfung - von 5,4 % um 23.00 Uhr am Wahlabend auf 4,9 % am nächsten Morgen - zu denken! Am 2. Dezember 1990 findet die erste gesamtdeutsche Bundestagswahl statt. DIE REPUBLIKANER erreichen 2,1 %. Zum Jahresende verschwinden sie fast gänzlich aus den Medien. Die „Mediensperre“ eine Absprache vieler großer Zeitungen beginnt. Das Establishment ist nicht bereit, eine demokratische, patriotische Partei in Deutschland zuzulassen. Die im Grundgesetz verbotene Ausübung einer Zensur findet nicht durch Staatsorgane, sondern durch die Mediengewaltigen statt. Mit diesen Maßnahmen und der durch nichts gerechtfertigten Beobachtung durch die Verfassungsschutzämter beginnt die systematische Stigmatisierung der Partei, um diese von den konservativen Wählern aus dem Bürgertum zu trennen..
Im Herbst 1990 wird das von der DDR-Regierung verfügte Parteiverbot aufgehoben. 1991 und 1992 werden zur bundesweiten Konsolidierung benutzt. Die Mitgliederzahlen steigen langsam, aber stetig. Gerade Mitgliedschaften aus dem Bereich des Handwerks, des Arbeiter- und Mittelstandes, aber auch aus den Gewerkschaften sind ein Indiz für die Unzufriedenheit der Wähler etablierter Parteien. Die Landtagswahl von Baden-Württemberg am 5. 9. 1992 setzt dafür ein Zeichen: Entgegen Wahlvorhersagen (4,5 %) ziehen sie mit 10,9 % der Stimmen und 15 Abgeordneten in den Landtag ein. Nur wenige Wochen später finden Bezirkswahlen in Berlin statt, die erfolgreich durchlaufen werden. Bei der Kommunalwahl 1993 in Hessen geben die Wähler 8,3 % der Stimmen der Partei DIE REPUBLIKANER; die Wahl zur Hamburger Bürgerschaft am 19. 9. 1993 bleibt mit 4,8 % der Stimmen nicht vom Erfolg gekrönt. 1994 beteiligen sich DIE REPUBLIKANER an allen überregionalen Wahlen, mit teilweise empfindlichen Stimmenverlusten (Europawahl 3,9 %, Bundestagswahl 1,9 %).
Im Zuge der letztendlich doch enttäuschenden Wahlergebnisse geriet der Parteivorsitzende Schönhuber zunehmend in die Kritik der Parteibasis. Als er dann am 21. August 1994 unter Mißachtung des „Ruhstorfer Beschlusses“ Gespräche mit Dr. Gerhard Frey, dem Bundesvorsitzenden der am äußersten rechten Rand angesiedelten Deutschen Volksunion (DVU), führte, leitete der Bundesvorsitzende selbst das Ende der Ära Schönhuber ein.